外耳炎の原因として、最も多いのが犬アトピー性皮膚炎あるいは食物アレルギーです。
実に犬アトピー性皮膚炎のわんちゃんの83%は外耳炎を併発しているという報告があり、犬アトピー性皮膚炎のわんちゃんの35%は外耳炎の症状のみというデータもあります。
また、食物アレルギーのわんちゃんの80%は外耳炎を併発しているとも言われています。
他にも、草の実などの異物によるもの、耳疥癬（耳ダニ）の感染によるもの、綿棒などによる誤ったケアによるもの、耳垢腺という分泌腺の疾患によるもの、内分泌と呼ばれる体質によるもの、腫瘍によるもの、免疫の問題によるものなど多くの原因が考えられます。

もともと、耳の中には『マイグレーション』と言って、耳の中を自浄化する自然治癒力があるのですが、上記のような外耳炎を引き起こす原因によって、そうした機能が働かなくなると、耳の中の環境が悪化し、外耳炎が発症し、その結果細菌や真菌が増殖します。
外耳炎は、こうして様々な原因がありますから、これまでの経緯を詳しくお聴きしていくことが必要です。
また、オトスコープ（内視鏡）で耳の中を丁寧に診ることがおすすめです。

犬の中耳炎は、外耳炎と似ているため、見過ごされることが多い炎症です。
それは、私たち人間は、鼻や咽頭から細菌やウィルスなどが、耳管という中耳につながる管を介して、中耳へと感染して中耳炎を発症することが多く、激しい耳の痛みや閉塞感といった中耳炎独特の症状がみられるのに比べ、犬ではほとんどの場合、外耳炎が進行して中耳炎になるので、程度の差はありますが、症状としてはほとんど外耳炎と変わらないからです。

また、捻転斜頸（片方の耳の位置が、もう片方より低くなって首を傾けた状態）や顔面神経麻痺、ホルネル症候群（第3眼瞼の突出と片眼の縮瞳など）といった症状を呈することもあります。
こうなると、内耳炎と混同されることもしばしばです。

近年では、オトスコープという内視鏡で鼓膜を明瞭に観察でき、オトスコープによる鼓膜の所見だけで中耳炎と診断できることが多くなりました。
また、CTやMRIは、中耳炎の確定診断に有力であるだけでなく、中耳や周辺組織の情報も伝えてくれるので、とても優れた診断方法です。
必要により鼓膜切開をして中耳から吸引した材料で、中耳炎の病態の一部を把握することができます。さらに、鼓膜切開の部位を介して中耳を洗浄するなど、治療も可能です。

しかしながら、一般に犬の耳疾患は、かなり慢性経過を経て、外耳道や中耳の組織に回復不可能なほどダメージが生じてから、耳科を得意とする獣医師が診るということが多いため、外科手術を必要とすることも少なくありません。
その手術というのは、外耳道全部を摘出すること、そして中耳の外耳道側の骨を切除すること、さらに中耳の鼓室胞と呼ばれる骨の一部を切開し、洗浄したり、汚れたところを取り除くといったかなり大掛かりな手術です。

ただ、このオトスコープの活用という新しい治療法で、摘出手術をしなくても済むケースが少しずつ年々増えてきています。